A Pécsi Tudományegyetem Botanikus Kertje Pécs belterületének nyugati–középső részén helyezkedik el, az egyetemi épületek közé ékelődve, közel 6,6 hektáros területen. A kert nyolc helyrajzi szám alatt szereplő ingatlanon terül el, állami tulajdonban áll, vagyonkezelője a Pécsi Tudományegyetem. Természetvédelmi szempontból a Duna–Dráva Nemzeti Park Igazgatóság illetékességi területéhez tartozik, hatósági felügyeletét a Baranya Vármegyei Kormányhivatal látja el. A terület 1989 óta helyi jelentőségű természetvédelmi terület, amelynek kezelése azóta is folyamatos és szakszerű.
A botanikus kert elsődleges rendeltetése az, hogy biztosítsa az egyetem természettudományos képzéséhez szükséges gyűjteményes hátteret. A kert fontos szerepet játszik a növényrendszertani, geobotanikai és természetvédelmi oktatásban, emellett alkalmas ritka és védett növényfajok ex situ megőrzésére és szaporítására is. Mindezek mellett a kert a városi környezetben kiemelkedően nagy összefüggő zöldfelületet jelent, amely méltó környezetet biztosít az egyetemi épületek számára, és hozzájárul Pécs zöld infrastruktúrájához.
A terület környezeti adottságait a Pécs térségére jellemző szubmediterrán hatások határozzák meg. Az éves csapadékmennyiség átlagosan 620 mm, amelynek fő maximuma nyár elején jelentkezik, míg ősszel egy kisebb csapadékcsúcs figyelhető meg. Az éves középhőmérséklet 13 °C körül alakul, a leghidegebb hónap január, a legmelegebb július. A kert talaja mészkőalapú, sekély, sziklás, vízmegtartó képessége alacsony, amit a déli kitettség és a lejtős felszín tovább erősít. Ezek az adottságok kifejezetten kedveznek a meleg- és szárazságtűrő, szubmediterrán jellegű növényfajoknak.
A botanikus kert eredeti természetes állapotát mára teljes egészében felváltotta az ember által alakított környezet. Természetes felszínformák, sziklakibúvások, források vagy barlangok nem találhatók a területen, ugyanakkor a hosszú ideje fennálló, tudatos kertészeti és botanikai használat révén egy rendkívül gazdag és sokrétű mesterséges élőhely jött létre. A kert nagy része rendszerezett gyűjteményként működik, ahol a növények élőhelyi vagy rendszertani szempontok szerint kerültek elhelyezésre. Ezek a gyűjteményes részek adják a kert legnagyobb természetvédelmi és tudományos értékét.
Kiemelkedő jelentőségű az üvegházi együttes, ahol számos különleges, érzékeny vagy hazánkban ritka faj található, valamint a viszonylag új sziklakert, amely a mészkedvelő, szárazságtűrő növények bemutatására szolgál. A gyűjteményes területekhez szorosan kapcsolódik a kertben zajló kutatómunka és fajvédelmi tevékenység, beleértve az ex situ megőrzési és szaporítási programokat is.
A kert nem gyűjteményes részei elsősorban parkosított zöldfelületek: fasorok, díszcserjék, gyepfelületek és kisebb kertészeti elemek alkotják őket. Ezek a területek egyrészt esztétikai és rekreációs szerepet töltenek be, másrészt biztosítják az egyetemi épületek közvetlen környezetének zöldfelületi jellegét. A kert fáin és cserjéin jelentős számú madárfaj fészkel, köztük sok védett kistestű énekes. A meleg, száraz mikroklíma miatt a hüllőfauna is figyelemre méltó, különösen a gyíkfajok jelenléte jellemző.
A terület táj- és kultúrtörténeti múltja szorosan összefonódik Pécs város fejlődésével. A botanikus kert helyén eredetileg melegkedvelő karsztbokorerdők állhattak, ám a város terjeszkedésével a terület már korán beépült és átalakult. Kezdetben a jezsuita Pius Gimnázium kertjeként működött, majd 1952-től, a Pedagógiai Főiskola megalakulásával kezdődött meg tudatos botanikus kertté fejlesztése. Az oktatási funkció azóta is meghatározó, és a kert ma a Pécsi Tudományegyetem egyik fontos szervezeti egységeként működik.
A természetvédelmi kezelés célja a kert gyűjteményes jellegének megőrzése, a szubmediterrán fajokban gazdag növényállomány fenntartása, valamint a honos és telepített fajok hosszú távú védelme. A kert kezelése szakszerű kertészeti munkát igényel, amelyet az egyetem megfelelő szaktanszékei terveznek és irányítanak. Kiemelt figyelmet kap az invazív fajok visszaszorítása, ilyen növények szabad térben nem telepíthetők. A gyűjteményes részeken a fajok életfeltételeinek biztosítása elsődleges, míg a nem gyűjteményes területeken a személy- és vagyonbiztonság, valamint a zöldfelületek állapotának fenntartása a fő szempont.
A botanikus kert nem klasszikus gazdálkodási terület: fenntartása folyamatos költséget jelent az egyetem számára, ugyanakkor az üvegházakban folyó növényszaporítás kis mértékben bevételt is termel. A kert területén az oktatási és kutatási tevékenység szabadon végezhető, a fenntartáshoz szükséges kertészeti munkák engedély nélkül folytathatók, míg fák kivágása, építmények elhelyezése vagy fajok gyűjtése kizárólag hatósági engedéllyel lehetséges.
A Pécsi Tudományegyetem Botanikus Kertje így egyszerre tudományos gyűjtemény, élő tanterem, természetvédelmi terület és városi zöldfelület. Olyan érték, amely nemcsak az egyetemhez, hanem Pécs egészéhez szorosan hozzátartozik.